تتمثل الوظائف الأساسية لهذا القطاع في تنفيذ الأنشطة التنظيمية للهيئة المتعلقة بأمان مرافق ومصادر الإشعاع، ومتطلبات الحماية من الإشعاع، وترخيص منشآت ومصادر الإشعاع، والتصريح للأفراد الذين يتعاملون مع الإشعاعات المؤينة، والنقل، والتداول، والتخزين، والاستخدام والتخلص من المصادر المشعة، على أراضي جمهورية مصر العربية، وكذلك إجراءات التفتيش والإنفاذ.

تتمثل الوظائف الأساسية لهذا القطاع في تنفيذ الأنشطة الرقابية للهيئة والمتعلقة بالآتي : التزام جمهورية مصر العربية بكافة مسؤوليتها بموجب المواثيق الدولية ذات الصلة، تنفيذ القوانين واللوائح والأنظمة الوطنية المتعلقة بالضمانات والأمن النووي، الإبقاء على نظام جمهورية مصر العربية في حصر ومراقبة المواد النووية، التشاور مع السلطات الأجنبية بشأن الاتجار غير المشروع بالمواد النووية ومصادر الإشعاع، تقييم أنظمة إدارة الأمن النووي للمنشآت النووية والإشعاعية والمواد النووية والمواد المشعة الأخرى.